Fakultas Ushuluddin IAIN Antasari pada waktu itu tetap berusaha mempertahankan keeksistensian dan perberdayaan serta mencari solusi terbaik untuk mengembangkan ilmu-ilmu ushuluddin dan melahirkan para ulama yang komprehensif, memiliki wawasan modernitas, bersikap toleran, berpikir logis, kritis, sistematis dan selalu komitmen kepada Al-Qur’an, hadis, akidah dan ajaran-ajaran Islam serta dapat mencegah pemikian liberal dan sekuler yang dapa merusak citra dan mendangkalkan keimanan. Melalui surat tertanggal 29 Maret 2005 Nomor Dj.II/Dt.II-III/PP.02.3/363/2005 Direktur Perguruan Tinggi Agama Islam telah memberitahukan akan menyelenggarakan Program Khusus di 5 (lima) lokasi IAIN terpilih dan IAIN yang memiliki Fakultas/Prodi Ushuluddin yang berminat menjadi pelaksana Program tersebut dapat mengajukan proposal. Mengingat tawaran tersebut merupakan solusi terbaik dalam memecahkan masalah yang sedang dihadapi fakultas. Kampus IAIN Antasari memenuhi syarat untuk menyelenggarakan program tersebut yaitu memiliki masjid, asrama, dan tenaga pengajar yang memumpuni di bidangnya masing-masing, maka dengan ini Dekan Fakultas Ushuluddin Bapak Prof. Dr. H. A. Athaillah, M.Ag. dan dukungan penuh dari Rektor IAIN Antasari Bapak Prof. Dr. H. Kamrani Buseri, M.A yang menjabat saat itu telah mengajukan proposal pembukaan Program Khusus tersebut.
Pada tanggal 24 Oktober 2005, terdapat surat lanjutan dari Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor Dj.II/532/05 tentang Perguruan Tinggi Agama Islam Penyelenggaraan Program Khusus Pengembangan Ilmu-Ilmu Ushuluddin dan Pemberdayaan Fakultas Ushuluddin telah ditetapkan bahwa Fakultas Ushuluddin IAIN Antasari Banjarmasin adalah salah satu dari lima Perguruan Tinggi Agama Islam yang ditunjuk untuk menyelengarakan Program Khusus. Berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam itu, Fakultas Ushuluddin Sejak tahun 2005 telah memulai penerimaan calon mahasiswa Program Khusus hingga sekarang.